Ist es denn aus SEO-Sicht problematisch, dass "nur" die ID nicht verlinkt, sondern ausschließlich der vollständige Link?
Normalerweise nicht. Dieses interne Umleiten von WBB oder auch von Wordpress, macht das ja auch, ist eigentlich nur dafür, dass wenn man eine URL falsch abtippt oder wenn man einen Fred nachträglich umbenennt. Denn ändert sich ja der sprechende Teil der URL, nicht aber die ID. Daher suchen die Systeme ausschließlich nach der ID und nicht (mehr) nach dem eigentlichen Titel.
Primär also, würde ich sagen, für nachträgliche Umbenennungen. Z.B: haste einen Fred mit "1234-alter-titel". Den verlinkt einer irgendwo, ein Post auf Facebook oder sonst was. Dann gehste her und änderst den Titel. Aus der alten URL wird dann "1234-neuer-titel". WBB verwendet dann selbst sofort den neuen Titel überall, auch intern in Links, aber die externen nicht, die haben weiterhin die alte URL. Um die nicht zu verlieren, erfolgt die Weiterleitung. Das geht da, weil eben 1234 das Gleiche ist, inhaltlich, wie das "neue" 1234.
Und diese Umsetzung geht ja weiterhin innerhalb des Forums, also innerhalb der Domain. Im neuen Forum ist das also weiterhin möglich, aber dort halt mit den neuen Domain-Namen. Im alten (oder über das alte) nicht mehr oder eben nur bedingt, weil sich nun die IDs änderten.
Der Link-Version mit "nur-ID", wobei das ja nicht "nur ID ist", sondern eben "ID + Irgendwas falsch geschrieben", wird ja eigentlich nicht verwendet. Das ist nur ein Versuch, derartige Links dennoch ans richtige Ziel zu bringen. WBB verwendet als canonischen Link immer die vollständige URL. Als interne Links, in einem Forenpost oder so, bb-Code im Sinne von "[thread=12345]", wobei es das wieder zur vollständigen URL umsetzt.
Wenn Du allerdings mit der alten Domain irgendwo externe Links hast, die falsch sind, falsch geschrieben oder absichtlich nur die ID haben, dann ist das doof. Die gehen mehr oder weniger verloren oder gehen ans falsche Ziel. In dem Fall hat aber der User damals schon was falsch gemacht, denn es war nie Sinn der Sache, das absichtlich zu nutzen. Das ist kein URL-Shortener oder so.
Die ID ist einfach nur ein eindeutiges Merkmal, wie das System den Datensatz in der DB findet. Einen Titel eines Freds kann es ja mehrfach geben, einmal in Forum 1 und einmal in Forum 2. Die ID ist aber immer eindeutig. Und das ist eben das Problem, dass Du nun hast. Du hast 7 Foren, die quasi mehr oder weniger alle bei 1 angefangen haben zu zählen. Also alle IDs gibt es quasi mehrfach. Das geht aber nicht in nur einem Forum, daher hast Du nun viele neue IDs.
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Leider stelle ich dennoch fest, dass selbst wenn Herkunft und Ziel URL eingetragen sind, teilweise ein 404 ausgegeben wird
Bei welcher Quelle und Ziel z.B.? Da greift also die manuelle Rule nicht oder da ist was nicht maskiert, was maskiert werden muss. Dann müsste aber die Catch-All greifen. Wenn dann dennoch ein 404 kommt, dann gibt es die ID am Ziel nicht, also die ID Board+ID, Thread+ID oder eben die anderen Bereiche.
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Es würde jedoch "nur" dass Ranking der betroffenen Unterseite, also des Themas darunter leiden und nicht die Seite als solche?
Doch, das betrifft alle Seiten dann quasi. Nicht so stark, aber letztendlich schon. Kommt ja drauf an, wie viele URLs das dann genau sind, wie viele Links das waren und zu wie viel die Seite vorher rankte und wie gut das Google einstufte. Wie Du ja oben schon mal selbst sagtest, Links auf Unterseiten wirken auch auf die anderen Seiten durch. Wenn da als zu einem KEY vorher Seite XY rankte, nun aber nicht mehr inhaltlich da ist, dann ist das Ranking für diese Seite weg. z.B. Link zu "Kanonen" leitet nun weiter auf eine Seite zu "Häuser". Die Seite "Kanonen" wird somit unwichtiger und damit auch alle anderen, die vorher Trust von dieser bekommen haben. Bekommen immer noch welchen, aber weniger, weil sie selbst weniger (passenden) hat. Letztendlich ist das Ranking ja ein Zusammenspiel von allen Seiten der Domain. Diese eine Catch-All-Zielseite hätte dann zwar mehr Links, also die gehen nicht verloren, aber das sind halt unpassende für das Thema. Das wäre als wenn man eine Seite zu "Auto" hat und ballert da 1000 Links drauf mit dem Thema "Apfelbaum". Links sind da, aber themenfremd.
Und ja, das mit dem Sortieren in Excel ist so. Da muss man wirklich spielen. Das mit dem links alte Links und rechts neue war auch nur ein Beispiel. Da braucht es noch etwas mehr, um das effizienter zu machen. Denn wie Du schon merkst, der sortiert nach der ID und die steht in der URL ganz vorne. Aber genau die ID ist ja das Problem an der Sache, der restliche texliche Teil ist aber oft identisch bei alt und neu. Also, reiner Gedankengang am Beispiel "Wiki".
Früher war es "wiki/lexikon", nun nur noch "wiki". Danach kommt dann die ID (geändert) und der Textteil, der fast immer gleich ist.
So, Gedankengang. Aus "wiki/lexikon" wird also immer "wiki". Das kann man als "Hilfe" also benutzten. Die Textteile bleiben gleich, kann man also auch benutzen. Die IDs sind das problem und stören auch bei der Sortierung, denn der sortiert sind ja immer 0-9 und nicht A-Z. Lösung: ID aus der Hilfsurl raus, dann ist da nur noch der Name und den kann man A-Z sortieren.
Links (A) die alte URL, B die alte als Hilfsurl. Die sind erstmal völlig durcheinander gewesen, logisch. Kann man aber nach "B" von A-Z sortieren lassen.

Gleiches Spiel mit den neuen URLs. Testtring anpassen und IDs entfernen. Sortieren nach A-Z.

Nun hast also beide A und B sowie C und D nach Alphabet sortiert. Da wird es dann einfacher zu "schieben". Im letzten Bild wäre die Zeile 16 ja eigentlich ein höher, aber "Waffen" passt nicht zu "technik" und "technik" gibt es nur bei den alten Werten, also die neuen runterschieben, bis wieder eine Übereinstimmung da ist.
Ergibt dann am Ende so was da

Wie man sieht, in C sind manche Felder leer. Das sind die, wo die alte URL kein gleichnamiges Ziel hat. Da muss man also selbst ein Ziel eintragen. Hattest Du oben im Beispiel ja gemacht als einfach nur "/wiki/"
Letztendlich sind dann aber in A und C die entsprechenden URLs. A die alten, C die neuen. Sortiert nach den "Hilfen" ohne die störenden IDs. Das mit dem "wikitest" ist auch nur dort, weil man das ja mit allen URLs gleichzeitig machen kann, damit man dann weiß, was was war, was wiki, was board, was thread, was user und damit alt und neu eben gleich sind. Wenn man das nach Kategorien trennt, dann braucht es das noch nicht mal.
Man muss da also quasi immer nur vergleichen, ob B und D unterschiedlich sind. Wenn ja, schieben, bis es wieder passt und weitersuchen. Kann man auch visuell einfacher machen, indem man z.B. einfach das Feld E nutzt und einen Vergleich reinmacht im Sinne von "Wenn B und D nicht gleich sind, dann mache Hintergrund rot". Das wird dann erst mal viel "rot" sein, aber normal. Wenn nur eine Zeile "verschoben" ist, sind ja alle anderen folgenden auch verschoben. Da reicht aber oft schon ein "schubs" und zig andere passen dann auch.