Also "auskennen" tut sich wohl keiner wirklich damit, aber jeder hat so eine Erfahrungen und Meinungen.
Meine wären z.B., das primär so zu lassen wie es ist, wenn denn die beiden Seiten nichts miteinander zu tun haben. Identische, etwa eine Firmenseite eines Schreiners und ein Shop mit Möbeln lassen sich gut kombinieren, aber unterschiedliche Dinge eher weniger.
Dagegen spricht für mich auch das Alter der Seiten, zumindest sehe ich keinen Vorteil aus Deinen genannten möglichen "Problemen".
Verweildauer: Sicherlich wäre die im Shop höher als auf der anderen Seite, aber das ist eigentlich egal. Google ist nicht ganz doof und weiß durchaus, wo die Verweildauer entsteht und wo nicht. Also das ist recht Seiten- und nicht Domaingenau. Zudem, mal anders herum gesehen. Wenn es über die ganze Domain gehen würde, und eine eine kurze, eine eine lange Verweildauer hat, dann würde sich zwar die kurze verlängern, aber die derzeit lange auch verkürzen. Also es gibt dann einen positiven und einen negativen Aspekt und beide heben sich in etwa auf.
Layout-Update: Auch hier sehe ich kein Problem, wenn denn Deine Seite nicht nur aus Bannern besteht. Wenn es noch andere Inhalte gibt, dann spricht nichts dagegen. Und auch hier die andere Sichtweise. Wenn Du den Shop auf die andere Seite als Unterordner legst, wie wird der denn dann verlinkt? Wenn als Banner, dann kommt es eigentlich auf das gleiche raus. Wenn als normaler Link, dann kannste das jetzt ja auch als Link machen. Aber ehrtlich gesagt sehe ich da kein Problem, wenn es denn nicht zu viel ist.
Und nicht vergessen. Gerade bei Penguin und Panda.... Wenn da nun eine von beiden Domänen abraucht, dann ist die andere noch immer da. Sind die beide zusammen, dann ist womöglich beides gleichzeitig weg.