ja der macht immer inkrementelle Backups und einen täglichen Virenscan.

Aber auf nice, also mit niedriger Priorität. Das macht er auf allen Servern. Wie man sieht, ist die Auslastung ( CPU ) nicht sehr hoch. Der Netzwerkdurchsatz ist etwas erhöht in der Nacht, da er die auf einen extra Backupserver schiebt.

Das spielt da aber auch keine Rolle. Meine Server sind so eingerichtet, bzw vom Volumen her, das die immer überdimensioniert sind. Selbst bei dem tausendfachen Aufkommen läuft alles reibungslos.
Deswegen ist es auch ein wenig teurer bei mir zu hosten. Ich laste diese nie am Limit aus. Im Gegenteil, die sollen sich langweilen und rasant ausliefern. Statt tausenden Kunden pro Server gibt es sehr viel weniger, um auch Peaks zu bedienen.
Bei Backups und Sicherheit mache ich aber keine Kompromisse. Diese werden in "armen" Zeiten, also Nachts durchgeführt und langeweilen immer noch die Server.
Vom Problem her cura kann es nur an deiner Stelle liegen. Ich Monitore auch täglich, da gibt es keine Überlastungen oder Ausfälle. On demand habe ich deinetwegen auch schon geschaut. Da gibt es keine Probleme beim Server.
Ich habe gegen Ende des Jahres auch Millionenfache Requests, wegen einer bestimmten Seite. Ich brauchte nichtmal nen CDN um das abzufedern. Das mit dem zig tausendfachem ist wirklich nicht übertrieben. Also da ist wirklich sehr viel Luft nach oben.
Ich trenne auch Kundenserver von eigenen Servern. Daran kann es also auch nicht liegen.